После обновления PHP до 7.3 PhpMyAdmin 4.6.6 стал на некоторые операции вываливать ошибки, поэтому пришлось обновить. Текущая стабильная версия PhpMyAdmin 4.9.4  до нее и обновляемся.

1. Удаляем или переименовываем текущую  версию PhpMyAdmin

У меня он установлен в /usr/share/phpmyadmin1234 и симлинк проброшен на https://site.ru/phpmyadmin . Соотв. чтобы не обновлять симлинк и не править конфиг nginx я просто переименовываю /usr/share/phpmyadmin1234 в /usr/share/phpmyadmin1234_old и создаю новую папку /usr/share/phpmyadmin1234

2. Устанавливаем PhpMyAdmin


В такой схеме ничего больше по симлинкам править не надо. После установки нужно создать в папке установки файл config.inc.php куда будем сохранять пользовательские настроки.

3. Настройка PhpMyAdmin

В файле /usr/share/phpmyadmin1234/libraries/vendor_config.php пишем путь до папки куда PhpMyAdmin будет кешировать таблицы у меня это так:


А в /usr/share/phpmyadmin1234/config.inc.php у  нужно сгенерить blowfish и добавить нужные параметры, у меня примерно так: